1. Ставим модуль apache2-mpm-itk:
sudo apt-get install apache2-mpm-itk
2. В нужный virtualhost вписываем строки:
# USER и GROUP - пользователь и группа, из под которого будет работать апач для данного домена
<IfModule mpm_itk_module>
AssignUserId USER GROUP
</IfModule>
3. Меняем пользователя и группу для всех файлов сайта: