Под Linux(Ubuntu 10.04) через aptitude phpMyadmin ставится только с базовым функционалом. Его возможности можно расширить для возможности работать с закладками, историями вводимых команд, дизайнером связанных таблиц и некоторыми другими дополнительными функциями. Делал я это так:

1. Качаем  *all-languages* архив: http://phpmyadmin.net/home_page/downloads.php.

2. Создаём базу данных phpmyadmin и импортируем в неё таблицы из файла create_tables.sql, который находится в каталоге scripts из скачаного и распакованого архива. 

3. создаём пользователя для этой базы:

User name (Имя пользователя): pma
Host (Хост): localhost
Password (Пароль): ваш пароль

Даём ему права на базу: SELECT, INSERT, UPDATE, DELETE.

4. в файле libraries/config.default.php меняем значения директив(или добавляем директивы, если таких не находите):

  $cfg['Servers'][$i]['host'] = 'localhost';
  $cfg['Servers'][$i]['extension'] = 'mysqli';
  $cfg['Servers'][$i]['connect_type'] = 'tcp';
  $cfg['Servers'][$i]['compress'] = false;
  $cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'config';
  $cfg['Servers'][$i]['user'] = 'root';
  $cfg['Servers'][$i]['password'] = 'пароль'; /* Пароль пользователя root. */
  $cfg['Servers'][$i]['controluser'] = 'pma'; /* Имя созданного вами только что пользователя для доступа к расширенным таблицам. */
  $cfg['Servers'][$i]['controlpass'] = 'пароль'; /* А здесь его пароль. */
  $cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';
  $cfg['Servers'][$i]['bookmarktable'] = 'pma_bookmark';
  $cfg['Servers'][$i]['relation'] = 'pma_relation';
  $cfg['Servers'][$i]['table_info'] = 'pma_table_info';
  $cfg['Servers'][$i]['table_coords'] = 'pma_table_coords';
  $cfg['Servers'][$i]['pdf_pages'] = 'pma_pdf_pages';
  $cfg['Servers'][$i]['column_info'] = 'pma_column_info';
  $cfg['Servers'][$i]['history'] = 'pma_history';
  $cfg['Servers'][$i]['tracking'] = 'pma_tracking';
  $cfg['Servers'][$i]['designer_coords'] = 'pma_designer_coords';

ВСё. Пользуемся.

Исползованный материал: http://php-myadmin.ru/learning/instrument-pma.html